Управление страной сосредотачивалось в многочисленных приказах, ведавших отдельными отраслями государственного управления или областями. 17 век был временем расцвета приказной системы: число приказов в иные годы достигало 50. Однако во второй половине 17 века в раздробленном и громоздком приказном управлении проводится известная централизация. Родственные по кругу дел приказы либо объединялись в один, либо несколько приказов, хотя и сохраняли свое самостоятельное существование, ставились под общее управление одного боярина, чаще всего доверенного лица царя. К числу объединений первого типа относятся, например, соединенные приказы дворцового ведомства: Большого дворца, Дворцового судного, Каменных дел и Конюшенного. Примером второго типа объединений может служить поручение боярину Ф. А. Головину управлять Посольским, Ямским и Военным морским приказами, а также палатами Оружейной, Золотых и Серебряных дел. Важным нововведением в приказном строе была организация Приказа тайных дел, нового учреждения, куда «бояре и думные люди не входят и дел не ведают, кроме самого царя». Этот приказ в отношении других приказов выполнял контрольные функции. Приказ тайных дел был устроен для того, чтобы «царская мысль и дела исполнялися все по его хотению».
Начальниками большинства приказов были бояре или дворяне, но делопроизводство держалось на постоянном штате дьяков и их помощников — подьячих. Хорошо овладев административным опытом, передаваемым из поколения в поколение, эти люди заправляли всеми делами приказов. Во главе таких важных приказов, как Разрядный, Поместный и Посольский, стояли думные дьяки, то есть дьяки, имевшие право заседать в Боярской думе. Бюрократический элемент приобретал все большее значение в системе складывающегося абсолютистского государства.
Огромная территория государства в 17 веке, как и в предшествующее время, делилась на уезды. Новое в организации власти на местах состояло в уменьшении значения земского управления. Повсюду власть сосредотачивалась в руках воевод, посылаемых из Москвы. В большие города назначались помощники воевод — «товарищи». Делопроизводством ведали дьяки и подьячие. Съезжая изба, где сидел воевода, была центром управления уездом.
Служба воеводы, подобно старинным кормлениям, считалась «корыстной», то есть приносившей доход. Воевода использовал всякий повод, чтобы «покормиться» за счет населения. Прибытие воеводы на территорию подчиненного уезда сопровождалось получением «въезжего корма», в праздники к нему являлись с приношением, особое вознаграждение воеводе приносили во время подачи челобитий. Произвол в местной администрации особенно ощущали социальные низы.
К 1678 году была завершена перепись дворов. После этого правительство заменило существовавшее посошное обложение подворным. Эта реформа увеличила число налогоплательщиков, налоги теперь взимались и с таких слоев населения, как «деловые люди», бобыли, сельские ремесленники и другие, жившие в своих дворах и раньше не платившие налогов. Реформа вызвала увеличение землевладельцами численности населения в дворах путем их объединения.